弗朗西斯科·戈雅是西班牙的大画家，有人称他为旧时代的最后一位画师，新时代的第一位画师，更有人称之为画家中的莎士比亚，足见对他评价之高。
出身寒苦的戈雅在西班牙苦苦奋斗却籍籍无名，两次投考西班牙皇家美术学院都名落孙山。戈雅剑走偏锋，参加一个斗牛士剧团去了意大利，在这里他观瞻画作如醍醐灌顶。他以胜利者汉尼拔站在阿尔卑斯山顶回望其所征服的意大利为题材画了一幅油画投稿参赛，获得了第二名，之所以没有位居榜首，据说是因为他把汉尼拔的目光描绘得过于热情了。受到这样的肯定，戈雅声誉鹊起，再归国时已是今非昔比。他34岁时担任西班牙皇家美术学院院长，10年之后，又被授予“宫廷画师”的头衔，从此跻身上流社会。但是，如果认为戈雅仅仅满足于富贵安逸，那就大错特错了。即便是他擅长的肖像画，也没有毛延寿之流的诛心阴暗，更不是描绘朱元璋者的刻意逢迎，他的名作《卡洛斯四世的一家》，尽显所谓国王家族的愚蠢粗鲁和轻薄无知，而戈雅更把自己置身其中，冷眼旁观，也真是画坛一绝。
身为西班牙旧王室宫廷画师的他同时被艺术史家归入浪漫主义，这一事实本身就足以让人们对他与欧洲历史上最大的一次浪漫主义风暴即法国大革命之间的关系产生兴趣。电影《戈雅的幽灵》大体上是依据对戈雅的油画名作《裸体的玛哈》与《着衣的玛哈》的捕风捉影敷衍而成。电影以1792年法国大革命的高潮为开端，此年的戈雅已经46岁。法王在这一年被送上断头台，拿破仑任命自己的弟弟约瑟夫为西班牙的新国王。当新王检阅前朝遗物时，他表达了拿破仑对戈雅画风的欣赏。但戈雅这位非常支持革命的大画家面对革命逐步陷入迷狂而产生了深深的动摇与质疑：这难道就是我渴望的革命？法国人在西班牙的蛮横残暴飞扬跋扈更是令戈雅深感绝望，1808年5月3日的大屠杀，让戈雅目瞪口呆难以置信。六年之后，戈雅创作了流传至今的名画《1808年5月3日的枪杀》，与《1808年5月2日的起义》成为姊妹篇。
电影中有两个主要人物修士洛伦佐和富商之女伊内斯。在洛伦佐的建议和推动下，过去五十年仅仅处决了八人的教会现在要以严厉的方式对待异端分子，尤其是犹太教、新教和伏尔泰。伊内斯曾是戈雅的模特，她由于被怀疑是犹太教徒而遭到迫害，尽管她的家庭早已经改宗天主教了。在她父亲的恳求下，戈雅促成了洛伦佐亲赴富商的家宴。修士并不知道，除了大笔的酬金之外，富商还给他准备了一个圈套。洛伦佐亲身体验了宗教裁判所的酷刑，上帝没有给他抗拒痛苦的力量，他在一份荒谬的供认状上签了字。以此为要挟，富商要求洛伦佐想办法释放他的女儿。然而，教会收下了富商的捐赠，但拒绝释放伊内斯。毫无办法的洛伦佐在富商公布那份供认状之前奸污了伊内斯，逃到了法国。教会焚烧了戈雅为洛伦佐绘制的肖像。在火焰和人群的喧嚣中，戈雅的听力出现了问题。等到十五年后，迟来的大革命终于在拿破仑的枪炮下降临了西班牙，这位画家已经完全失聪了。而把法国人引领到西班牙的，竟然就是当年潜逃的洛伦佐。现在的他摇身一变，成了大革命和伏尔泰的忠实信徒。马克思的《西班牙的革命》对此有极为透彻犀利的分析解读。
在新的政治格局之下，天主教会被取缔，修士被判刑，裁判所中的囚犯被释放，伊内斯也重见天日。她的家人已经在战火中死于非命，她找到戈雅，拜托他寻找当年在狱中生下的女儿。戈雅去向洛伦佐求助，但当洛伦佐发现孩子是自己的骨肉时，他选择了掩盖真相。伊内斯被他送进了疯人院。戈雅在写生时偶然发现了伊内斯的女儿阿莉西娅，她已经成了妓女。戈雅执意要让她们母女相见，但洛伦佐派兵把这些妓女全部虏走，准备送往美国。此时拿破仑战败，英军从葡萄牙海岸登陆，直指马德里。洛伦佐在逃跑时被俘，妓女们也被英军虏获，阿莉西娅又成了英军将领的新欢。从疯人院被赎出来的伊内斯在混乱中捡到了阿莉西娅被掳走时留下的婴儿，一无所知且神志不清的她把这个婴儿当作了她与洛伦佐的女儿。英国人成了天主教会的保护者，修士们重掌权力，洛伦佐被绞死，尸体被驴车拖走。伊内斯抱着婴儿紧追不舍，驴车四周是欢快的儿童和欢快的童谣。老年戈雅步履蹒跚地跟在后面。
当拿破仑的军队入侵西班牙之时，失聪的戈雅已经听不见隆隆的炮声了，他当然也听不见洛伦佐慷慨激昂的演说和沸腾群氓的喧嚣。画作只能够表达画家对这个世界的理解，理解的模式来自画家的经验，而戈雅的最独特之处，就在于他完全依赖眼睛。究竟是拿破仑的大炮还是赞美自由的演讲更能代表大革命？他们的耳朵领受着炮声的震撼和演说的魔力。对戈雅而言，他听不见了。他似乎是一位局外人在观看一幅斑驳芜杂波澜壮阔的图画，然后再把他看到的画下来。失聪之前的画家创作，无论怎么逼真肖似，都只能是柏拉图意义上的虚假，画家试图描摹的是他身处其中的世界。电影曾有一个意味深长的画面：不堪酷刑的伊内斯哀号着：“告诉我真相是什么”，镜头却切换到戈雅创作自画像的情景。戈雅在创作自画像时，他不是在画自己，而是在画自己在镜中的影子。
影片中有两个人看到了这种区别。除了戈雅，就是伊内斯的父亲。这位犹太裔的富商是一位手段老辣的商人。但画家和商人的关系比我们设想的要复杂得多。戈雅询问洛伦佐，是否要将他的手画进肖像里。一只手两千，两只手三千。画家根据买主的出价变换肖像的形式。同时，画家也描绘让自己心醉神迷的美。他为伊内斯画肖像，称她为具有魔力的女巫。戈雅是如此着迷于她的美，甚至以她为原型，创作了大教堂穹顶上的天使。在洛伦佐与戈雅的最后一次对话中，面对后者的指责，前者反过来声称西班牙是个大妓院。被激怒的戈雅提起洛伦佐的变节，而这位从前的修士却回答他：我有信仰，而你为酬金工作，谁出钱，就为谁作画。因此，你就是娼妓。古道热肠的戈雅竟然符合我们对不道德的评价标准，而坏人洛伦佐反倒符合为信仰献身的义人形象。正义的经验同正义的模式再次强烈地冲突。我们如何理解，一个因为身体上的痛苦背叛信仰的修士，居然能够为他的新信仰而引颈就戮？在修士洛伦佐和革命者洛伦佐之间，究竟发生了怎样的身份置换？
影片中，在别的修士痛斥戈雅为邪恶的鼓吹者时，修士洛伦佐如何用他的亲眼所见证明了戈雅的画表现了世界的真相。而根据洛伦佐，教会的职责便是把戈雅发现的邪恶铲除掉。他暗示，教会的正义并不是神义论的推论，而是神义论的执行。或者说，神义论不是一个既成事实，而是在教会同邪恶的战斗中实现。每一次对邪恶的经验，都触发了征服邪恶的热情，而对邪恶的征服被经验为正义本身。对正义的经验因此同对邪恶的经验密不可分。然而洛伦佐搞错了，画家笔下的幽灵不是画家的经验，而是联系着一种模式的理解。洛伦佐说他亲眼见过一个妇女，就是戈雅笔下的样子。这暴露了他的自我无知：他的经验不能确证戈雅笔下的形象，因为与他的经验相吻合的不是幽灵的形象，而是幽灵的形象在他那里引起的经验。他诉诸经验，却不理解他是在通过某种特定的模式理解他的经验。他不需要找到正义的经验来填充正义的模式，但他依然需要通过某种模式来发现邪恶。正如他向耳目们讲授如何识别异端时，不得不借助欠缺实际经验的方法：我们发现一个邪恶的人，不是因为看到他作恶，而是因为他阅读伏尔泰，或者他把教堂称作圣殿，又或者在伊内斯的案件中，她不吃乳猪肉。两件事改变了修士洛伦佐：对伊内斯的欲望和富商的私刑。通过爱欲和痛苦，他不再将世界当作一幅画。当面对一幅画时，没有任何经验会改变观察者理解这幅画的模式，因为它所唤起的经验正是基于这一模式。然而当他遭遇到某种强制性的、不可违抗的经验的时候，原先在暗中支撑并整合着经验的模式就失效了。洛伦佐必定意识到，让经验来检验模式是危险的，不如用模式来支配经验，把不符合模式的经验抹去。光明是大革命的彼岸，而期间的鲜血根本就不算什么。无论是对教会的报复心，还是遮掩旧日过失的意图，都被修葺一新。毫不奇怪，面对死亡，他一点不害怕，因为死亡恰恰意味着经验的被消除。没有什么比死亡更能确立他的信仰了。革命者洛伦佐到修士洛伦佐的改变，在于洛伦佐成了更纯粹的修士。
如今的洛伦佐的语气不过是当年在教廷会议中与他针锋相对的修士的翻版。修士将戈雅的模特称为娼妓。在修士看来，娼妓是一切污秽之物的代表。但既然戈雅已经失聪，“人世的画卷”已经从比喻变成了现实，阿莉西娅就顺理成章地进入了我们的视野。妓女阿莉西娅不过是把修士的隐喻搬到现实之中，她代表了洛伦佐同伊内斯结合的真相。不过，阿莉西娅必定从他的外祖父那里遗传到对金钱的敏锐嗅觉。作为英军将领的新欢，她会成为即将到来的新秩序的一部分。这个新秩序的原则，是一切都可以出卖。伊内斯把初生的婴儿当作自己的女儿，她从不知道她的女儿是一名妓女。戈雅跟着伊内斯，远离了时代的洪流。
现实中的戈雅在1924年离开西班牙，出走法国的波尔多，算是流亡异国他乡，这个时候，他已经78岁高龄了。在这里的戈雅，虽然已经失聪甚至失明，但他仍然不愿意放下自己的画笔。他要揭露人间的罪恶，他要严斥社会的不公，他要呼唤人性的尊严，他在1828年4月16日，带着遗憾和愤懑与世长辞，享年82岁。70年后，他魂归马德里，骨灰被安放在圣安东尼奥德拉佛罗里达教堂。在181年之后，有几位中国后生在六朝松下的一间教室里，看着画册上他的油画、素描、铜版画，他的《抱水罐的姑娘》的幽美明净令人痴迷、《拙劣的诗人》中的书报检查者、《有文化教养的驴子》的心不在焉麻木不仁愚蠢颟顸、《斗牛史》系列的惊心动魄、更有他的《1808年5月3日的枪杀》的悲壮激昂无助恐惧，令人默默流泪，一言不发。戈雅的画独特而多元，既有印象画派的轻快亮丽富丽堂皇，更有裸体玛哈的绰约风情甚至不无香艳，更有控诉暴力反省战争鞭挞丑恶揭露战争的愤怒，也有表现斗牛场上紧张刺激复杂人性的真切刻画，如黄山云海魁伟多变，不可方物。也许正是因为戈雅作品的丰富繁盛，群峰连绵，博大精深，他才有了画坛莎士比亚的推许吧？